ダンジョンに入場したら、まずは「フギン」に話しかけて、探索の開始を宣言しましょう。探索の開始を宣言したら、奥にいる「ムニン」に話しかけて、研究所の中の探索を進めましょう。 探索可能な時間は約60分間です。

研究所内は、第1～8研究区画と特別研究区画を合わせた計9つの研究区画に分かれています。どの区画に挑戦するかは、「ムニン」に話しかけることで選択できます。

第1～8研究区画の探索を進めていくと「強力な憤怒の思念体」が出現します。「強力な憤怒の思念体」を倒すと、その区画はクリアとなります。区画をクリアしたならば、次の区画の探索へと向かいましょう。 ただし、別の研究区画へ挑戦するごとに、思念体たちの呪いが強まり、出現するモンスターが強力になっていきます。

また、ダンジョン入場時に追加報酬を獲得するための条件となるクエストが付与されます。探索終了する際は、ダンジョン内にいる「フギン」に話しかけることで、探索終了を宣言することができます。

第1～8研究区画のうち4区画以上をクリアした状態で探索を終了すると、ボスが待つ特別研究区画へと向かうことができるようになります。
クリアした区画の数が多くなるほど、挑戦できるボスの種類が増えていきます。
ボスとの戦いは3回まで再挑戦が可能です。
ボスは追加報酬を獲得するための条件となる討伐クエストの対象にもなっているので注意が必要です。
ボスの強さは並大抵ではありません。準備を万全に整えたうえでも勝つことは難しいでしょう。
さらに、ボスの種類によって攻略方法も大きく異なるため、相手に応じた対策が求められます。

探索終了を宣言するか、ボスとの戦闘が終わると、ダンジョンクリアとなります。
ダンジョンをクリアすると、攻略結果が発表されると共に、報酬の宝箱が出現します。
宝箱からは、「思念体の渇き」などの素材アイテムが入手できます。
また、追加報酬を獲得するための条件となるクエストを達成すると「思念体のエッセンス」が入手できます。
報酬の量は、攻略結果によって変化します。